Helsedirektoratet
Helsedirektoratet finansierer Ungdatasenteret gjennom et årlig tilskudd via statsbudsjettet. Tilskuddet dekker gratistilbudet til kommuner og fylkeskommuner og sekretariatet ved Ungdatasenteret.
Regionale kompetansesentre innen rusfeltet (KORUS)
NOVA har et tett samarbeid med de sju regionale kompetansesentre innen rusfeltet (KORUS Bergen, KORUS Stavanger, KORUS Midt-Norge, KORUS Øst, KORUS Sør, KORUS Nord, KORUS Oslo). Samarbeidet er knyttet til gjennomføringen av de lokale Ungdata-undersøkelsene og utviklingen av Ungdata som et verktøy for kommuner og fylkeskommuner.
Institutt for samfunnsforskning
Ungdatasenteret har et forskningssamarbeid med Senter for forskning på sivilsamfunn og frivillig sektor ved Institutt for samfunnsforskning.
Norges Idrettshøgskole
Ungdatasenteret har et forskningssamarbeid med Norges Idrettshøgskole.
Folkehelseinstituttet
Ungdatasenteret leverer blant annet data til Folkehelseinstituttets folkehelseprofiler.